Высший орган управления – Наблюдательный совет, обеспечивающий соблюдение целей, для которых создана АНО ДПО «Институт непрерывного медицинского образования» (АНО ДПО «ИНМО»), отвечающий за общую организацию деятельности.
Единоличный исполнительный орган – Директор. Осуществляет текущее руководство АНО ДПО «ИНМО», подотчетен Наблюдательному свету.
Коллегиальные органы – Конференция работников и Педагогический совет.